期,来验证基因表达的动态变化。
随后,是数据分析。
预处理,利用 Cell-Ranger 过滤低质量细胞,也即线粒体基因大于 20%或基因数小于 200 的细胞将会被剔除。
以及聚类分析。
用 Seurat 算法进行 t-SNE 降维,依据基因表达相似性将细胞分为不同亚群。
最后,筛选不同组别的差异表达基因。
在大半个实验室停工,全力为许秋保驾护航的情况下,结果很快就出来了。
随后发现,脑内 B 细胞 CXCR4 比外周高出五倍,IL-10 则下降了三倍。
当然更显着的在于基因差异!
结果发现,脑内 B 细胞促炎因子 TNF-α、趋化因子受体 CCR5 均高度表达!
功能富集分析中更是发现,脑内 B 细胞高表达基因富集于“白细胞跨内皮迁移”和“NF-κB 信号通路”,这一结果直接证实了促炎表型!
这与之前的结果相互印证——脑内 B 细胞与神经炎症密切相关。
而随后的功能验证试验,更加说明了这一点。
结果显示,脑内 B 细胞在体外迁移实验中,经过 CXCR4 配体刺激,迁移率比脾脏 B 细胞高出近五倍。
而且,一旦使用 CXCR4 拮抗剂,这一过程就会被阻断。
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