一旦形势危急，封锁黄河渡口，足以自守，这是保留家族血脉的好地方！”于是通过赵萌请求前往河西。赵萌向更始帝推荐窦融，任命他为张掖属国都尉。窦融到任后，安抚结交豪杰，怀柔招纳羌人、胡人，很得他们的欢心。这时，酒泉太守安定人梁统、金城太守库钧、张掖都尉茂陵人史苞、酒泉都尉竺曾、敦煌都尉辛肜，都是州郡的人才，窦融都与他们交好。等到更始政权失败，窦融与梁统等商议说：“如今天下大乱，不知该归附谁。河西地区孤立地处在羌人、胡人中间，如果不同心协力，就不能自守；我们权力均等，力量相齐，又无法统率，应当推举一人为大将军，共同保全河西五郡，观察时局变化。”商议既定，但各自谦让。按地位次序，共同推举梁统；梁统坚决推辞，于是推举窦融代理河西五郡大将军职务。武威太守马期、张掖太守任仲都是孤立没有党援的，窦融等人就共同写信通知他们，二人立即交出印绶离职。于是任命梁统为武威太守，史苞为张掖太守，竺曾为酒泉太守，辛肜为敦煌太守。窦融仍居住在张掖属国，兼任都尉职务照旧；设置从事，监察五郡。河西地区民俗质朴，而窦融等人的施政也宽厚平和，上下相亲，一片安定富庶的景象。他们修整兵马，练习作战射箭，设置烽火台，羌人、胡人侵犯边塞，窦融总是亲自率领各郡军队救援，每次都能如期而至，屡次击败敌人。后来羌人、胡人都敬畏归附，内地躲避战乱和饥荒的流民前来归附的络绎不绝。
王莽当政时，天下人都思念汉朝的恩德，安定郡三水县人卢芳居住在左谷中，诈称自己是汉武帝的曾孙刘文伯，说：“我的曾祖母，是匈奴浑邪王的姐姐。”常用这话在安定一带欺骗迷惑人们。王莽末年，卢芳与三水属国的羌人、胡人一同起兵。更始帝到长安后，征召卢芳担任骑都尉，让他镇守安抚安定以西地区。更始政权失败后，三水的豪杰共同拥立卢芳为上将军、西平王，派使者与西羌、匈奴结亲和好。匈奴单于认为：“汉朝中途断绝，刘氏后裔来归附，我也应当像当年呼韩邪单于（归附汉朝）那样拥立他，让他尊奉我。”于是派句林王率领数千骑兵迎接卢芳兄弟进入匈奴，拥立卢芳为汉帝，任命卢芳的弟弟卢程为中郎将，率领匈奴骑兵回到安定郡。
光武帝因为关中尚未平定，而邓禹久不发兵进攻长安，写信责备他说：“司徒（邓禹），是尧；逃亡的贼寇（赤眉），是桀。长安的官吏百姓惶惶不安无处可归，应该及时进兵讨伐，镇守安抚西京（长安），维系百姓的心。”邓禹仍然坚持之前的意见，另外攻打上郡各县，再征集兵员，转运粮食，回到大要县。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆共同守卫栒邑县，二人争权互相攻打，冯愔于是杀了宗歆，并乘机回军袭击邓禹，邓禹派使者向朝廷报告。光武帝问使者：“冯愔所亲近的人是谁？”使者回答：“是护军黄防。”光武帝估计冯愔、黄防两人不能长久和睦，势必互相冲突，于是回复邓禹说：“将来逮捕冯愔的，必定是黄防。”于是派尚书宗广持符节前往招降。一个多月后，黄防果然抓住冯愔，率领部众归降请罪。更始帝的将领王匡、胡殷、成丹等也都到宗广处投降，宗广和他们一起东归洛阳；走到安邑县，王匡等人半路又想逃跑，宗广将他们全部处斩。冯愔叛变时，曾率军西向天水；隗嚣迎击，在高平县将其打败，缴获了他的全部辎重。于是邓禹以皇帝的名义派遣使者持符节任命隗嚣为西州大将军，能够全权处理凉州、朔方的事务。
腊日（腊祭日），赤眉军举行盛大宴会奏乐，酒还未喝，群臣就互相争吵起来；士兵们竟各自翻墙进入皇宫，劈开宫门，抢夺酒肉，互相杀伤。卫尉诸葛穉听说后，率军入宫，格杀一百多人，才安定下来。刘盆子惶恐不安，日夜哭泣，左右侍从官都很怜惜他。
光武帝派遣宗正刘延攻打天井关，与田邑连战十余回合，刘延无法前进。等到更始政权灭亡，田邑派使者请求投降；光武帝当即任命他为上党太守。光武帝又派谏议大夫储大伯持符节征召鲍永；鲍永不知更始帝是死是活，心存疑虑不肯听从，囚禁了储大伯，派使者骑马飞奔到长安，探听虚实。
