甫率领虎贲武士、羽林军等共一千余人，出宫驻守朱雀掖门（南宫南门），与张奂等会合。不久，全部抵达宫门下，与窦武对阵。王甫的兵力渐盛，他命士兵向窦武的军队大声喊话：“窦武谋反，你们都是禁军，应当守卫宫省，为什么追随反叛者？先投降的有赏！”北军五营的士兵一向畏惧宦官，于是窦武的军队开始有人投奔王甫。从清晨到早饭时，窦武的士兵几乎全部投降。窦武、窦绍逃走，各路军队追捕包围了他们，两人都自杀身亡。他们的首级被悬挂在洛阳都亭示众。紧接着逮捕窦家的宗亲、宾客、姻属，全部处死。侍中刘瑜、屯骑校尉冯述也被灭族。宦官又诬陷虎贲中郎将河间国人刘淑、前尚书会稽郡人魏朗，说他们与窦武等通谋，两人也都自杀。窦太后被迁到南宫。窦武的家属被流放到日南郡（今越南中部）。从三公九卿以下，凡是陈蕃、窦武所推荐的官员，以及他们的学生门徒和过去的部属，一律免官，终身禁止做官。议郎勃海郡人巴肃，开始时参与窦武等人的密谋，曹节等人不知道，只是因牵连被禁锢。后来才被发现，于是下令逮捕巴肃。巴肃自己乘车到县衙。县令见巴肃来，迎入后堂，解下县令印信，打算与巴肃一起逃走。巴肃说：“做臣下的，有谋略不敢隐瞒，有罪过不敢逃避刑罚。既然没有隐瞒谋略，又怎么敢逃避刑罚呢！”于是被处死。
曹节升任长乐卫尉，封为育阳侯。 王甫升任中常侍，仍兼任黄门令。朱瑀、共普、张亮等六人都封为列侯。另外十一人封为关内侯。于是，一群小人得志，士大夫都垂头丧气。陈蕃的朋友陈留郡人朱震收殓埋葬了陈蕃的尸体，并把陈蕃的儿子陈逸藏匿起来。事情被发现后，朱震全家被捕入狱，都戴上刑具。朱震虽遭严刑拷打，誓死不肯吐露真情，陈逸因此得以幸免。窦武府中的掾吏桂阳郡人胡腾收殓殡葬了窦武的尸体，为他发丧，因此也被禁锢。窦武的孙子窦辅，年仅二岁。胡腾谎称是自己的儿子，与令史南阳郡人张敞一起将他藏匿在零陵郡（今湖南永州）境内，也得以幸免。张奂升任大司农，因功封侯。张奂深恨被曹节等人出卖，坚决推辞不肯接受。
任命司徒胡广为太傅，主管尚书事务；司空刘宠为司徒；大鸿胪许栩为司空。
冬季，十月，甲辰晦（三十日），发生日食。
十一月，太尉刘矩被免官；任命太仆沛国人闻人袭为太尉。
十二月，鲜卑和濊貊侵犯幽州、并州。
这一年，疏勒国（今新疆喀什）国王的叔父和得杀死国王自立为王。
乌桓酋长上谷郡的难楼拥有部众九千余落（户）；辽西郡的丘力居拥有部众五千余落，各自称王。 辽东郡的苏仆延拥有一千余落，自称峭王。右北平郡的乌延拥有八百余落，自称汗鲁王。
汉灵帝建宁二年（己酉，公元169年）
春季，正月，丁丑（疑误，正月无丁丑），大赦天下。
灵帝将贵人董氏从河间国（今河北献县东南）迎接到京都洛阳。 三月，乙巳（初三），尊董贵人为孝仁皇后，住永乐宫。任命她的哥哥董宠为执金吾（掌管京师警卫），侄儿董重为五官中郎将（皇帝侍卫官）。
夏季，四月，壬辰（二十一日），御座上出现一条青蛇。 癸巳（二十二日），刮大风，降冰雹，雷霆霹雳，拔起大树一百多棵。灵帝下诏，命三公九卿以下官员各呈密封奏章。大司农张奂上书说：“从前，周公姬旦埋葬不合礼制，上天震怒（事见《尚书》）。如今窦武、陈蕃忠诚正直，尚未蒙受赦免和宽恕。妖异的发生，都是为此而发。应该尽快收殓安葬他们，召回被流放的家属，解除株连禁锢的禁令。还有，皇太后虽然居住南宫，但恩遇礼敬断绝，朝臣无人敢言，远近失望。陛下应该思念大义，回报养育之恩。”灵帝认为张奂的意见很好，但询问各位常侍时，左右宦官都厌恶张奂的话，灵帝无法自己做主。张奂又与尚书刘猛等共同推荐王畅、李膺是担任三公的合适人选。曹节等人更加痛恨张奂等人，于是下诏严厉斥责。张奂等人自动投入廷尉狱，请求囚禁。几天后才被释放，但仍罚扣三个月
