通话中对新一深情告白的那些话，顿时羞红了脸。她的脸颊如同熟透的苹果，心中满是羞涩和尴尬。而工藤夜一则调皮地来了一句：“小兰姐姐啊不未来嫂子好啊。”说完便被害羞的毛利兰追着打。工藤夜一边跑边说：“未来嫂子好凶啊，哥哥这是找了一个母老虎吗？”机舱内的紧张氛围在这欢声笑语中渐渐消散，大家都为成功脱险而感到庆幸。
柯南看着眼前的场景，心中也松了一口气。但他知道，这一系列事件背后似乎隐藏着更深的秘密。怪盗基德为何会对“命运的宝石”如此执着，飞机上的密室杀人案又是谁策划的，这一切是否都有着某种关联？柯南的眼神变得坚定起来，他决定继续深入调查，揭开这些谜团背后的真相。
此时，警方也赶到了码头，对飞机上的密室杀人案展开了正式调查。柯南、工藤夜一和灰原哀决定留下来协助警方，他们相信，只要大家齐心协力，一定能找出真正的凶手，解开这一连串复杂事件的谜团。
警方对飞机上的每一位乘客都进行了详细的询问，收集了大量的证词。柯南和工藤夜一则再次回到案发现场，试图寻找更多被遗漏的线索。他们如同两只敏锐的猎犬，仔细检查了卫生间的每一个角落，甚至还查看了飞机的通风管道，希望能从中发现一些蛛丝马迹。
在通风管道里，柯南发现了一个小型的发射器，这个发射器看起来像是用来发射暗器的。它的材质是一种特殊的合金，质地坚硬且轻便，上面还刻有一些奇怪的符号。柯南推测，凶手可能就是通过这个发射器，在卫生间外将带有毒药的暗器射向死者，然后利用某种方法制造了密室的假象。“看来凶手是有备而来，这个发射器应该是特制的。”柯南一边观察一边说道。
工藤夜一则在死者的座位附近找到了一本笔记本，笔记本上记录着一些与舞台剧相关的信息，还有一些奇怪的符号和数字。经过一番研究，他们发现这些符号和数字似乎与一个神秘的组织有关。那些符号像是一种特殊的密码，而数字则可能代表着某些时间或者地点。难道这个神秘组织与此次的杀人事件以及怪盗基德的行动都有关系？“这背后的水很深啊，我们得小心行事。”工藤夜一皱着眉头说道。
灰原哀在对死者的衣物进行检查时，发现死者的衣领上有一个微小的标志，这个标志与之前在山崎废品回收公司发现的电子设备上的标志极为相似。那是一个由三个相互交织的三角形组成的图案，线条简洁而富有神秘感。这一发现让众人意识到，这起飞机上的杀人案可能与之前高木警官所调查的“x 计划”有着千丝万缕的联系。“看来这个神秘组织的势力比我们想象的还要庞大，涉及的范围也更广。”灰原哀严肃地说道。
随着调查的深入，越来越多的线索指向了同剧组的一位名叫山本的演员。山本在案发前后的行踪十分可疑，有人看到他在案发前鬼鬼祟祟地在卫生间附近徘徊，而且他与死者之间的矛盾也最为突出。警方迅速对山本展开了全面的调查，发现他近期与一些身份不明的人有过频繁的接触。这些人都是通过一些加密的通讯方式与山本联系，行踪极为隐秘。
柯南和工藤夜一找到了山本，对他进行了单独询问。山本一开始还试图狡辩，他眼神闪烁，说话吞吞吐吐，极力否认自己与案件有关。但在柯南和工藤夜一严密的推理和证据面前，他的心理防线逐渐崩塌。柯南详细地阐述了案件的经过，从发现的线索到推理出的作案手法，每一个细节都清晰无比。工藤夜一则展示了山本与那些身份不明的人联系的证据，让山本无从抵赖。最终，山本承认了自己的罪行。原来，他是受一个神秘组织的指使，为了获取死者手中关于“x 计划”的一些重要信息，才策划了这起杀人事件。
然而，关于这个神秘组织的具体情况，山本却知之甚少。他只知道这个组织势力庞大，行事极为隐秘，一直在暗中策划着一些危险的阴谋。他们通过威胁和利诱的手段，迫使一些人为他们效力。组织的高层成员都隐藏在黑暗之中，很少有人见过他们的真面目。柯南、工藤夜一和灰原
