阁楼。阁楼里很暗，堆满了杂物。柯南打开手电筒，照向角落，发现那里有一个被绑在椅子上的年轻女人，嘴巴被胶带封住，看到他们后激动地挣扎起来。
“你是中村操小姐吗？”柯南撕掉她嘴上的胶带。
女人点点头，眼泪流了下来：“是……是的，他们是谁？为什么要绑架我？”
“他们是疾风强盗集团‘哥布林’的成员。”夜一看着地上昏迷的两个男人，“看来是冲着你祖父的财宝来的。”
“祖父的财宝？”中村操愣住了，“我从来没听说过。”
柯南拿起从咕咕钟里掉出来的金表，翻开背面的“d”字给她看：“这个‘d’，是不是和你祖父的名字有关？”
中村操盯着金表看了半晌，突然恍然大悟：“是‘道男’！我祖父叫中村道男，‘道’字的首字母在日语罗马音里是‘d’！”她抹了把眼泪，声音带着哽咽，“祖父生前总说，要给我留一份‘能看透时间的礼物’，我一直以为是玩笑……”
柯南晃了晃金表，表盘内侧突然弹出一张卷成细条的羊皮纸。展开后，上面用褪色的墨水画着别墅的剖面图，阁楼角落的位置标着一个红圈，旁边写着一行小字：“藏在时间的影子里。”
“时间的影子？”小兰疑惑地看向窗外，月光正好透过阁楼的气窗照进来，在地板上投下咕咕钟的影子——此刻时针和分针交叉成直角，影子的末端恰好落在红圈标记的位置。
夜一走过去，用脚碾了碾地面的木板，发现一块木板的边缘有松动的痕迹。他俯身掀开木板，针到特定时间才能打开。
“密码会是什么？”小五郎凑过来，摸着下巴琢磨，“刚才咕咕钟响的时候是1点10分，会不会是这个时间？”
柯南摇摇头，指着羊皮纸上的纹路：“你看这里的纹路，和书房咕咕钟的齿轮图案一模一样。祖父是钟表收藏家，密码肯定和时间有关。”他想起那些时钟上的刮痕，“3和9的位置有刮痕，11点电子钟会响，1点10分咕咕钟触发……把这些数字加起来试试？”
他在心里算了算：3+9+11+1+10=34？不对。再换种方式——11点是23点（24小时制），23加10（1点10分的分钟数）等于33，也不对。
中村操突然开口：“祖父以前教我认时间的时候说过，真正的时间藏在钟摆的缝隙里。”她指着铁盒上的钟表，“你们看，这个钟表的刻度是反的，像镜子里的样子！”
“镜像！”柯南眼睛一亮，“1点10分的镜像时间是10点50分！”他转动密码锁的指针，将时针拨到10，分针拨到50。只听“咔哒”一声，铁盒开了。
里面没有金银珠宝，只有一本泛黄的日记和几张设计图。日记里记录着中村道男的秘密：他年轻时曾是钟表匠，为了保护一批被强盗盯上的古董钟表，故意编造了“别墅藏有财宝”的谣言，还设计了这套时钟暗号，其实是想找一个能看透表象、读懂时间密码的人来继承这批文物。
“哥布林”集团早就盯上了这批古董，查到中村道男的孙女继承了别墅，便派了两个成员冒充她的亲戚，想趁机夺走文物。幸好他们没解开最后的镜像密码，才没找到铁盒。
这时，阁楼的楼梯传来脚步声，是接到报警赶来的警察。他们带走了昏迷的两个强盗，也收走了铁盒里的设计图——那些图纸正是追回被盗古董的关键线索。
中村操抱着祖父的日记，眼眶红红的：“原来祖父说的‘时间的礼物’，是让我学会看清真相啊。”
夜一拍了拍她的肩膀：“他找到合适的继承人了。”
柯南看着窗外的月光，觉得这栋别墅的时钟仿佛都在轻轻滴答作响，像是在为解开谜题的人鼓掌。小五郎还在兴奋地跟警察吹嘘自己如何“运筹帷幄”，小兰在一旁无奈地笑着，灰原则低头看着那只金表，嘴角噙着一丝浅浅的笑意。
别墅里的时钟依旧在走，但那些诡异的声响和黑影，
