凌云那份精心炮制的《格物真源疏》，如同一位身披儒袍却怀揣机关巧器的说客，乘着快船，驶向了权力与传统的漩涡中心——北京紫禁城。他试图在儒家的话语体系内，为“科学”这头闯入瓷器店的巨象寻找一个合宜的座位，哪怕只是角落里的一个小凳。
然而，思想的碰撞远比战舰的对轰更为复杂难测。奏疏送达通政司，其内容便如同滴入沸油的冷水，瞬间在朝堂上下炸开了锅。
支持者，主要是那些已从南洋贸易、工矿建设中尝到甜头的勋贵、部分务实派官员以及悄然兴起的“格物派”年轻学子。他们引经据典（主要是《考工记》、《天工开物》等相对边缘的典籍），附和凌云“即物穷理”、“利国惠民”的说法，认为格物之学乃是“圣学之羽翼”，“能佐王化，实仓廪，强甲兵”，是富国强兵的必由之路。天津卫格物分苑的初步成效——几台改良后的蒸汽抽水机已开始试用于漕船维修码头，效率显着——成为他们最有力的实证。
反对者，则主要是以翰林院、都察院清流为代表的保守派文官。他们抨击凌云“曲解圣贤”、“以末技充正学”，认为格物之学“徒擅奇巧，惑乱人心”，若任其发展，必将导致“礼崩乐坏，人心不古”。他们紧紧抓住“格物分苑招收生徒不分良贱”这一点大做文章，视其为对士农工商等级秩序的严重挑战。更有甚者，翻出之前吕宋“役使土着”、“毁坏山林”的旧账，将凌云描绘成一个“苛虐百姓、罔顾仁政”的酷吏。
双方在朝堂之上引经据典、唇枪舌剑，奏章如雪片般飞入内廷。朱棣端坐于龙椅之上，静听双方辩论，面色沉静如水，内心却波澜起伏。他欣赏凌云的能力和带来的实际利益，帝国的财政、军事实力因南洋体系而肉眼可见地增强，北征蒙古的后勤也因此受益。但另一方面，他自幼接受儒家教育，深知意识形态对于维系统治的重要性。一个脱离儒家经典束缚、自成体系的知识和权力中心的出现，让他本能地感到警惕。尤其是凌云在奏疏中隐约流露出的，那种将“物理”置于“天理”之上的倾向，更让他心生不快。
这场“名分之争”暂时没有定论。朱棣采取了惯用的平衡手段，他下旨褒奖凌云“格物有功，利在社稷”，肯定了格物之学的实用性，但却对《格物真源疏》中关于思想本源的部分不置可否，也未明确给予格物之学与科举儒学同等的地位。同时，他默许了天津卫格物分苑的继续存在和有限扩张，却又暗中指示东厂，加强对分苑及与吕宋往来人员的监视。
这是一种典型的帝王心术：用其能，防其势。
当京城的政治风波通过密信传回吕宋时，凌云只是淡淡一笑，并未感到意外。他知道，思想的转变非一日之功，能争取到目前这种“不反对，有限支持”的局面，已是阶段性胜利。至少，格物之学有了在皇权默许下生存和发展的空间。他将更多精力投向了迫在眉睫的南方威胁。
就在朝堂争论不休之际，“深渊应对特种舰队”的训练遭遇了真正的挑战。
李参将率领舰队，对之前发现异常信号的海域进行了一次主动的深潜探测。他们使用加装了额外防护钢缆和强光探照灯的重型潜水钟，试图近距离观察海底“殖装场”的情况。
下潜过程起初顺利，但当潜水钟接近那片依托海沟热泉建立的、如同噩梦般蠕动的“囊泡”森林时，异变陡生！
潜水钟外部安装的、由“御灵”项目提供的实验性灵能感应器（基于玄玑子的脑波模型制作，能探测特定频段的意识场波动）突然发出了刺耳的警报！指针疯狂摆动，显示周围存在着极其强大而混乱的灵能场！
紧接着，声呐员听到了密集的、令人头皮发麻的刮擦声和撞击声。通过潜水钟的耐压玻璃窗，操作员惊恐地看到，无数之前未曾见过的、体型更小、形如放大了千百倍的海虱或蠕虫的变异体，从“囊泡”的缝隙中、从海底的沉积物里蜂拥而出！它们似乎对潜水钟散发出的微弱金属信号和生命气息极为敏感，疯狂地扑上来，用锋利的口器和附肢啃咬着潜水钟的外壳和钢缆！
