太平真君九年（448）以后，北魏朝廷的政治氛围发生微妙变化。表面上，灭佛运动取得全面胜利，佛教组织基本被清除。但实际上，这场运动激化的各种矛盾正在暗中发酵，最终引发了一场震惊朝野的政治清算。
崔浩在灭佛成功后权势达到顶峰。太武帝加封他为太傅，总理朝政，其子弟数十人皆居要职。崔浩趁机推行更激进的改革措施：按照儒家礼制改革官服朝仪；推行严格的品秩制度；大量任用汉族士人。这些措施虽然有助于北魏的汉化进程，但也严重触犯了鲜卑贵族的传统特权。
矛盾首先在编修国史问题上爆发。太平真君十一年（450），崔浩主持编纂的《国史》完工。这部史书秉承传统，详细记载了拓跋鲜卑早期历史，包括一些被视为的习俗：如兄终弟及的收继婚制、部落时期的野蛮征战、统治者内部的残杀等。崔浩为了彰显自己的史学才华，竟将这些内容刻石立碑，供世人观看。
这一举动立即引发轩然大波。鲜卑贵族们认为崔浩故意暴扬国恶，羞辱整个民族。太原王拓跋翰带头发难，联合数十位宗室大臣向太武帝告状：浩以汉人，恃才傲物，蔑我祖法，毁我传统，其心可诛！太武帝最初还想庇护崔浩，但当亲自看到碑文内容后，也不禁勃然大怒。
更深层的矛盾在于权力斗争。灭佛运动使崔浩得罪了太多势力：佛教徒视他为魔头；鲜卑贵族恨他破坏传统；就连道教内部也对他不满。寇谦之在世时就曾预言：浩过刚易折，必遭奇祸。太平真君十一年六月，这些反对力量终于联合起来，形成了倒崔的强大联盟。
太武帝面临艰难抉择。一方面，崔浩确实是他最得力的大臣，推行多项改革卓有成效；另一方面，朝野反对声浪太高，已经威胁到政权稳定。经过再三权衡，太武帝最终决定牺牲崔浩以平息众怒。同年七月，下诏以暴扬国恶的罪名将崔浩逮捕。
审判过程充满戏剧性。崔浩在狱中仍保持士大夫气节，拒不认罪。他上书自辩：修史贵在实录，非敢有意羞辱。若以直笔为罪，则董狐、司马迁皆当受诛！但这些辩白反而激怒了太武帝。最终，崔浩被判处极刑，夷三族。其家族姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏等北方大族都受到牵连，被杀者达二百余人。
行刑场面极其惨烈。据《魏书》记载，崔浩被囚入笼车送往刑场时，卫士数十人溲其上，呼声嗷嗷，闻于行路。这种侮辱性处决方式，反映了鲜卑贵族对汉人士族的深刻敌意。崔浩之死不仅是个人悲剧，更标志着北魏汉化进程遭遇重大挫折。
与此相关的是天师道的迅速失势。寇谦之在崔浩被杀前一年已经病逝，失去领袖的天师道顿时群龙无首。太武帝对道教的热情也明显减退，不再参加斋醮仪式，天师道场日渐冷落。更重要的是，鲜卑贵族趁机反扑，要求恢复传统萨满信仰。太平真君十二年，太武帝下令削减道观数量，限制道士活动。曾经显赫一时的天师道，转眼间风光不再。
佛教则开始悄悄复苏。太子拓跋晃利用崔浩倒台的机会，逐步放宽对佛教的限制。他首先允许年老僧侣公开活动，接着默许百姓在家礼佛。一些地方官员心领神会，对佛教活动睁一只眼闭一只眼。被埋藏的佛像经卷开始重见天日，逃亡的僧侣陆续返回。虽然距离全面复兴还有很长的路，但最黑暗的时期已经过去。
政治清算的余波持续震荡。太平真君十三年（452），太武帝突然驾崩，死因可疑。据《魏书》暗示，可能是被不满其统治的宦官宗爱所弑。这一突发事件使得政局更加动荡，继位的南安王拓跋余在位仅八个月就被杀，最后由太武帝之孙文成帝即位。
文成帝即位后，立即调整宗教政策。他首先为崔浩部分平反，允许其幸存亲属收回部分财产。然后颁布复佛诏书，正式解除灭佛禁令。诏书宣称：世祖太武皇帝鉴诫前弊，遂行灭法。然岁月既往，民心渴望，今可听诸州郡县众居之所，各听建佛图一区。这一诏令标志着灭佛运动的正式终结。
崔浩之死和灭佛运动的终结，反映了北魏统治中的深层矛盾。首先是汉化与
