再让他们掌握实际的朝政大权，而是让他们“以列侯就第”，享受尊荣而远离权力核心。同时，他大力提拔熟悉吏治、通晓经术的文官，如侯霸、伏湛等人，担任三公九卿要职，负责日常行政。在地方，他削弱诸侯王权力，加强刺史对郡国的监督，将权力牢牢集中到中央。
在经济上，他实行轻徭薄赋政策，多次下诏减免田租，将西汉以来的“十税一”恢复到有时“三十税一”，减轻农民负担。解放奴婢，禁止虐杀奴婢，增加社会劳动力。下令度田，清查天下垦田户口，抑制豪强地主兼并，尽管此举曾引发豪强叛乱，但刘秀态度坚决，最终得以推行，在一定程度上缓和了社会矛盾。他大力兴修水利，推广牛耕，鼓励垦荒，使遭受严重破坏的社会经济得到了迅速的恢复和发展。
在个人生活上，刘秀倡导节俭，“身衣大练，色无重彩，耳不听郑卫之音，手不持珠玉之玩”。他勤于政事，“每日视朝，日仄乃罢”，夜间还常常引见公卿郎将，讲论经义，直至深夜。这种勤勉和节俭，为百官和天下做出了表率。
在文化上，他崇尚儒学，大兴太学，访求遗逸，表彰气节，使得在王莽时期受到打击的儒家学说重新成为官方意识形态，奠定了东汉一代“风化最美、儒学最盛”的根基。
与此同时，统一战争仍在继续。他派吴汉、耿弩等扫平东方割据势力，亲征隗嚣，最终平定陇西；派岑彭、吴汉等溯江而上，历经苦战，攻克成都，消灭了公孙述的成家政权。至建武十二年（36年），最后一支割据力量被消灭，天下重归一统。
在日理万机、戎马倥偬的岁月里，刘秀内心深处，始终未曾忘却那个风雪之夜，在河北荒山破庙中的生死一线，以及那位给了他重生机会的神明。帝国的蓝图在他手中一步步变为现实，而那个对神明的承诺，也随着天下的逐渐平定，变得越来越清晰，越来越迫切。他知道，是时候去兑现那个关乎诚信与感恩的誓言了。
