玉对青海藏区发动了第二次西征，
在今天阿尔金山无人区周围，追击消灭了蒙古土司哈咎部，
战后，西藏帕竹地方政府见状，表示投诚。
至此，明朝顺理成章地继承了大元在西藏地区的统治！
青藏高原各地蒙古势力全部荡平，大明统一了整个青藏高原！
战后，明朝沿袭元朝制度，设立乌思藏行都指挥使司、朵甘行都指挥使司及俄力思军民元帅府，
分别管辖今西藏中部、东部及西部阿里地区，
形成军政合一的治理体系。??
但，这些机构的负责人，皆由西藏本地首领担任，
明朝不派官员进藏任职，仅通过颁发官印和委任状维持名义上的统治。 ?
明朝对西藏宗教领袖采取“多封众建”政策，
敕封三大法王——大宝法王、大乘法王、大慈法王，
及各级僧官，确立其政治地位与宗教权威。??
地方官员如宗本（相当于县长），需经明朝中央任命，
兼具地方行政官与中央命官双重身份。??
明朝推行宗本制度，以取代元朝的万户制，
设立了13个宗城堡，宗本由大明中央任命，并兼任地方官职！
同时?，西藏地方官员若触犯法律，明朝中央政府可直接惩处，体现司法管辖权的直接行使。??
明朝通过定期朝贡制度，强化了西藏与中央的政治联系，
确立了大明中央政权认可的西藏地方政府治理西藏的合法性！
帕竹政权第五代执政者札巴坚赞，在明朝支持下进入全盛期，并推动西藏地区经济与法律改革。
永乐四年（1406），明成祖敕封札巴坚赞，为灌顶国师、阐化王，赐玉印、白金、巴茶等。
札巴坚赞在其执政的47年中，由于措施得当，实施教派民主，从而带来了其辖区内社会的稳定和经济的空前繁荣。
第十代执政者阿旺札西札巴，于公元1510年即位后，
因年幼不能执政，由仁蚌巴·错结多吉喜，代理执政8年，
由此仁蚌巴家族，开始逐步掌控帕竹政权！
