来到了废弃工厂。他绕着工厂走了一圈，发现工厂的大门紧闭，窗户也都被木板封住了。不过，在工厂的后门，有一个小小的缝隙，足够一个人钻进去。
夜一小心翼翼地钻过缝隙，进入了工厂内部。工厂里一片漆黑，弥漫着一股铁锈和灰尘的味道。他打开手电筒，慢慢往前走，发现工厂里堆放着很多废弃的机器和零件。在工厂的中间，有一个很大的房间，房间的门虚掩着，里面传来了说话声。
夜一悄悄走到门口，侧耳倾听。房间里，宫野明仁正在和一个男人说话。“首领，蒲田耕平的研究资料我已经拿到了，您要不要现在看一下？”
一个低沉的声音响起：“不用了。你先把资料放在这里，我会安排人研究。对了，雪莉的情况怎么样了？有没有找到她的踪迹？”
宫野明仁连忙说：“我们一直在追查雪莉的下落，但她好像消失了一样，没有任何消息。不过，我们发现工藤新一最近在帝丹高中出现过，而且还解决了一起杀人案。我们怀疑，雪莉可能和工藤新一在一起。”
低沉的声音沉默了一会儿，说：“继续追查雪莉和工藤新一的下落。一旦找到他们，立刻汇报。另外，蒲田耕平的研究资料很重要，一定要保护好，不能出任何差错。”
“是，首领！”宫野明仁恭敬地说。
夜一听到这里，心里暗暗吃惊——黑衣组织的首领竟然也在废弃工厂！他不敢再多停留，悄悄退出了工厂，然后快速离开了。
回到阿笠博士家后，夜一把在废弃工厂听到的情况告诉了柯南、灰原和阿笠博士。“黑衣组织的首领也在废弃工厂，而且他们还在追查灰原和哥的下落。我们必须尽快想办法，阻止他们的计划。”
柯南皱起眉头：“黑衣组织的首领一直很神秘，很少有人见过他的真面目。这次能确定他在废弃工厂，是一个很好的机会。我们要不要联合警方，一起突袭废弃工厂？”
灰原摇摇头：“不行。黑衣组织的首领很狡猾，他肯定会在工厂周围安排很多眼线。如果我们联合警方突袭，很容易被他们发现。而且，一旦首领逃脱，我们就再也没有机会找到他了。”
阿笠博士想了想，说：“我们可以用假资料做文章。既然黑衣组织的首领已经拿到了假资料，肯定会安排人研究。我们可以在假资料里埋下一个陷阱，比如设置一个微型追踪器，或者在资料里加入一些特殊的化学物质，只要他们接触资料，就能留下痕迹。”
柯南眼睛一亮：“这是个好主意！阿笠博士，你能制作微型追踪器吗？”
阿笠博士点点头：“当然可以！我现在就去制作，保证体积小，不容易被发现。”
没过多久，阿笠博士就制作好了一个微型追踪器。追踪器的大小和一颗纽扣差不多，颜色和假资料的纸张颜色一样，很难被发现。柯南和夜一再次来到米花图书馆，把微型追踪器贴在了假资料的最后一页，然后放回了原来的位置。
不出所料，当天下午，宫野明仁就再次来到米花图书馆，拿走了假资料。柯南和夜一通过手机上的追踪器App，实时监控着宫野明仁的位置。
宫野明仁拿着假资料，直接去了废弃工厂。追踪器显示，他进入工厂后，把假资料交给了一个男人，然后就离开了工厂。那个男人拿着假资料，走进了工厂中间的大房间——也就是黑衣组织首领所在的房间。
“太好了！追踪器成功了！”柯南兴奋地说，“我们现在可以通过追踪器，知道黑衣组织首领的位置。只要我们找到合适的时机，就能联合警方，将他们一网打尽！”
夜一却皱起眉头：“我觉得没那么简单。黑衣组织的首领很警惕，他可能会发现追踪器。我们不能掉以轻心，必须做好万全的准备。”
果然，没过多久，手机上的追踪器信号突然消失了。“不好！他们发现追踪器了！”柯南大喊。
灰原脸色一变：“看来，我们的计划失败了。黑衣组织的首领肯定已经知道我们在跟
