徐淮惨败的消息和随之而来的内部整肃、新政强力推行，如同三记重拳，彻底打懵了南京的留守朝廷。先前还勉强维持的表面团结，瞬间土崩瓦解，内部矛盾急剧激化，陷入了近乎疯狂的内斗和相互指责之中。
以诚意伯刘孔昭、抚宁侯朱国弼为首的勋贵集团，将战败的责任归咎于江北四镇军阀的“无能”和“溃逃”，以及大学士王铎等文官“调度无方”。他们试图甩锅自保，甚至暗中商议，是否要抛出几个替罪羊，向王小伟“谢罪”以求和。
而以王铎为首的部分文官，则反唇相讥，指责刘孔昭、朱国弼等勋贵“贪墨军饷”、“任人唯亲”、“嫉贤妒能”，才是导致联军失败的罪魁祸首。他们试图联合一些对勋贵不满的将领，夺取更多的权力。
江北溃败逃回的几个总兵，如刘泽清、黄得功等人，则拥兵自重，一方面对南京朝廷阳奉阴违，大肆搜刮地方以补充实力，另一方面则互相猜忌，甚至为了争夺地盘和补给而发生小规模摩擦。
长江水师提督郑鸿逵（郑成功叔父）则态度暧昧，一方面表示继续效忠南京朝廷，另一方面却将水师主力收缩至镇江、江阴一线，摆出一副拥兵观望的姿态。
整个南京小朝廷，陷入了“党争猛于虎”的恶性循环。无人真正考虑如何整军经武，防御即将到来的北方大军，所有人都在忙着争权夺利，算计着如何在新旧交替的浪潮中保全自身，甚至不惜牺牲他人。
南京城内，人心惶惶，流言四起。有钱有势的大家族开始暗中变卖家产，准备南逃。市面萧条，物价飞涨。普通百姓则茫然无措，既害怕北兵打过来的战乱，又对当前南京朝廷的腐败无能深感失望。
“完了……南京完了……”一些有识之士私下里哀叹，他们已经看不到任何希望。
与此同时，王小伟在淮北的统治却日益稳固。内部整肃虽然带来了一些阵痛，但也清除了隐患，纯化了队伍，使得新政推行更加顺畅。淮北地区的社会秩序和经济生活逐步恢复，甚至比战前更有活力。来自北方的粮食、布匹、铁器等物资，通过运河源源不断南下，而南方的丝绸、茶叶、瓷器等物产，也开始通过北疆商行的渠道北上。一种新的经济循环正在形成。
王小伟并没有急于发动渡江战役。他深知，长江天险非同小可，尤其对方还拥有强大的水师。在没有掌握制江权的情况下，贸然渡江，风险极大。
他将行营前移至扬州以北的邵伯镇，亲自勘察长江北岸地形，召见登莱水师提督和熟悉江防水文的将领、渔民，详细了解长江水文、潮汐、航道以及南京水师的布防情况。
“王爷，长江江宽水急，风浪无常。南京水师虽经徐淮之败，士气受损，但实力犹存，尤其擅长水战。我军水师初创，战船数量和水战经验均不及对方，若正面决战，胜算不大。”登莱水师提督客观地分析道。
“郑鸿逵此人，用兵谨慎，其水师主力避而不战，依托江阴、镇江等要塞固守，很难将其诱出歼灭。”一位原明军降将补充道。
王小伟盯着地图上那条蜿蜒的长江，眉头微蹙。强攻确实非上策。他需要另辟蹊径。
“我们的优势在于陆战和民心。”王小伟沉吟道，“不能在水上与敌争锋，就要想办法让水师的优势发挥不出来，或者……让水师为我们所用。”
他心中渐渐有了一个大胆的计划。
“传令下去：
第一， 命格物院火器所，加紧研制可用于水战的新式火器，如火箭弹、水底雷（原始版），并改造部分战船，增强其火力和防护。
第二， 命军情司加大力度，不惜一切代价，渗透南京水师，尤其是中下层军官和水手，进行策反！同时，散布谣言，动摇其军心。
第三， 派人秘密接触郑鸿逵，试探其态度。许以高官厚禄，若能率水师来归，则裂土封侯，不失王爵！
第四， 在江北沿岸大张旗鼓，建造战船，训练水军，做出积极备战的姿态，
