荆襄不战而降，如同推倒了最后一块多米诺骨牌，南京留守朝廷的抵抗意志彻底崩溃。长江天险已失，上游门户洞开，北岸大军虎视眈眈，内部更是分崩离析，互相倾轧。南京，已成一座孤岛，一座被恐惧和绝望笼罩的孤岛。
王小伟不再犹豫，下达了全线进军的命令。
周遇吉率领陆师主力，自扬州渡江，攻克镇江，兵锋直指南京东面的屏障——栖霞山、龙潭诸要塞。
徐锐率领“燎原营”铁骑及部分精锐，自荆襄顺流而下，一路势如破竹，连克安庆、池州，兵临南京西南门户——太平府（今马鞍山）。
登莱水师在得到部分荆襄水师投诚船只和人员补充后，实力大增，与郑鸿逵率领的南京水师主力在江阴一带展开对峙。郑鸿逵见大势已去，抵抗意志本就不坚，在王小伟再次派出密使许以“闽国公、水师大都督”之位后，终于下定决心，率麾下绝大部分水师战舰及官兵，在阵前倒戈，归顺王小伟！
至此，南京外围防线全面瓦解，水陆要隘尽失。庞大的金陵古城，彻底暴露在王小伟大军的兵锋之下。
南京城内，一片末日景象。勋贵官僚们纷纷携带细软家眷，试图从尚未被合围的城门出逃，却大多被严阵以待的宣大军队拦截俘获。城中乱兵、地痞趁机抢劫作乱，火光四起，哭喊声震天。昔日繁华的秦淮河畔，画舫无踪，唯有萧瑟的寒风卷着落叶。
紫禁城中，那座象征南方正统的宫殿内，此时空荡冷清。诚意伯刘孔昭在自己的府中悬梁自尽。抚宁侯朱国弼试图化装成商人逃跑，被军情司识破擒获。大学士王铎等人，则瑟瑟发抖地聚集在朝堂上，等待着最后的命运。
王小伟没有立刻下令攻城。他骑着乌骓马，在周遇吉、徐锐等大将的簇拥下，来到了南京城外最高的雨花台上。放眼望去，雄伟的南京城墙巍峨耸立，但城头上已看不到多少守军的旗帜，取而代之的是一片死寂和混乱。
“王爷，攻城准备已毕，是否……”周遇吉请示道，只要一声令下，这座六朝古都，顷刻间便会陷入血火之中。
王小伟摇了摇头。武力征服容易，但要收服人心，尤其是江南士林和百姓的人心，则需要更深的考量。这座古城，承载了太多的历史和文化，他不想让它毁于战火。
“传令下去，围而不攻。派人射劝降书入城，告知城内军民，放下武器，开门迎降，可保身家性命无忧。若负隅顽抗，城破之日，严惩不贷！”
同时，他下令军队严守纪律，不得扰民，并开始在城外架设粥棚，安抚从城中逃出的难民。
强大的军事压力，加上“围而不攻”的攻心策略，以及城外井然有序的军容和赈济举动，彻底瓦解了南京城内最后一丝抵抗念头。
次日清晨，南京厚重的城门，在绝望和期待交织的复杂目光中，缓缓开启。以大学士王铎为首的留守官员，身着素服，手捧舆图册籍，出城至王小伟军前，匍匐请降。
王小伟接受了他们的投降，并立刻下令：
第一， 周遇吉率军入城，接管城防，维持秩序，清剿残敌，严禁任何劫掠行为。
第二， 发布安民告示，宣布赦免普通军民，废除南京小朝廷的一切苛捐杂税。
第三， 将刘孔昭、朱国弼等罪大恶极的勋贵，以及部分民愤极大的贪官，公开审判处决，以平民愤。
第四， 善待投降官员，愿意继续为官者，经过甄别和学习后，可量才录用；不愿者，可发放路费归乡。
第五， 也是最重要的一点，他宣布，将在南京停留一段时间，亲自督导江南新政的推行，并在此地，召开一次决定未来国是的“宏文大会”，邀集天下有识之士，共商建国大计！
随着南京的和平解放，标志着南明最后一个有组织的抵抗政权的覆灭。从崇祯末年的天下大乱，到如今的基本一统，王小伟以其强大的武力、高超的政治手腕和坚定不移的新政理念，终于初步廓清了寰宇。
