皇上念及刘基是功勋旧臣，赦免了他的罪行，不再追究，只是下令剥夺了他的俸禄。
中书省、六部还想把刘琏送进监狱，皇上当时已经下令让刘琏回去了，最终不再过问此事。
刘基于是入朝，自己承认过错并谢罪，于是留在了京城。
在此之前，杨宪失败后，汪广洋担任丞相，没多久，汪广洋被贬到广东，于是任命胡惟庸为丞相。
刘基忧愤不已，曾经对人说：“如果我的话没有应验，那就是百姓的福气了。假如我的话应验了，那老百姓可怎么办呢？”
没过多久，就生了病。
洪武八年正月，胡惟庸带着医生前来探病。
刘基喝了药以后，就感觉有东西堵在肚子里，从此以后病情就越来越严重了。
三月，皇上因为刘基久病，命令给驿站马车，派使者护送他回乡，还亲自写文章赐给他。
大意是：“尔基，是括苍奇士。他是杰出的人才，伟大的人物，天下人都知道他、听闻他。当元朝末年，群雄并起，谁能分辨出谁是英雄谁是奸雄，只有你能仰头观察天象。皇帝俯身视察，独自决断没有疑虑，刘基从千里之外前来跟随，他的言论和计策都被采用，天下已经平定之后，皇帝按照功劳大小进行赏赐，特地加封显赫的爵位，使他美名流传，仍然赐他回归故乡，希望他永远长寿幸福。哪里想到灾祸产生于乡里，触犯了国家的法律，因为他是勋臣旧交而被看重，皇上依从奏议的奏章对他进行处罚，所以只是削夺他的俸禄而不削夺他的名位，这是国家的政治体制，不得不这样啊。你不申辩，就跑到朝廷来，不是善于自己处世的人，怎么能做到这样呢？现在你年事已高，疾病日渐侵蚀身体，筋骨日益衰退，长久客居京城官邸，朕很是怜悯你。禽鸟生长在丛林之中，羽翼长成后就飞走了，有时回望旧巢，还必定会盘旋飞翔，感情不能抑制，何况对于人呢？你既然病得很重，可以马上返回故乡，以此安享晚年，这样也许能符合我优待功臣旧臣的心意。”
刘基在家中待了一个月就去世了，享年六十五岁。
皇上为他的死感到痛心，赐给他的葬礼钱物非常丰厚。
刘基在去世前的几天，把自己所收藏的有关天文的书籍交给刘琏，让他在服丧期满后把这些书进献给朝廷，并且告诫他说：“不要让后代学习天文方面的知识。”
又对次子仲璟说：“我想要上奏遗表，可惜已经来不及了。而且我想劝皇上修养德行、减少刑罚，向天祈求长久的国运。治理政事应当宽严并济，天下的各个重要地方，应当使它们与京城形势相连。我死后，如果皇上问起我的遗言，应当把这些话秘密上奏给他。”
刘基为人刚毅，胸怀慷慨，有远大的节操。每当谈论天下大事，都会直言是非，没有丝毫的迂回婉转。
皇上察觉到他的忠诚，把他当作心腹委以重任。
刘基也自认为得到了非常难得的知遇之恩，所以知道的事情没有不说的，所说的话没有不被采用的，在紧急危难的时候，他的计谋策略马上就能制定好，外人没有谁能看出来这些计谋策略是如何制定的。
刘基屡次辅助朱元璋成就大功，每当朱元璋上朝称赞他时，刘基总是谦逊地回避。
在家闲居的时候只是喝酒下棋，遇到天象有异常变化，就会接连多日不快乐。
他所着的有《郁离子》十卷、《复瓿集》二十四卷、《写情集》七卷、《犁眉公集》五卷，这些着作一起在世间流传。
大明太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝实录卷之九十九
