树基地的能量网络覆盖半个地球后，林奇开始了更深层次的改造——将神域的环境法则渗透到现实的物理规则中。这种渗透不是一蹴而就的颠覆，而是通过数百万个“生态节点”逐步实现：在森林中种下能调节光照的“光叶树”（源自神域的“平衡林”法则），在河流里投放能净化水质的“净流藻”（源自神域的“循环河”法则），在城市中培育能吸收负面情绪的“安魂花”（源自神域的“和谐域”法则）。每个节点都是一个小型的法则放大器，当节点数量足够多，现实的环境便会在潜移默化中成为神国的“复制品”。
大气环境的改造是最直观的成果。神域中没有污染的概念，空气永远保持着最适宜生命呼吸的状态，蕴含着温和的自然能量。林奇将这种“纯净大气法则”注入世界树的枝叶，通过能量穹顶向全球扩散。扩散的过程中，法则会自动筛选空气中的成分：保留氧气、氮气等有益气体，分解二氧化硫、辐射尘等有害物质，同时将部分二氧化碳转化为带着花香的能量粒子。
五年后，全球的天空都变成了澄澈的宝石蓝，即使在曾经的工业废墟上空，也能看到白云如同般缓缓流动。更神奇的是，空气中的自然能量成为了“隐形的滋养剂”——人类吸入后，体质会缓慢增强，不易生病；植物吸收后，生长速度加快，且能自动抵御病虫害。在北欧的某个小镇，居民们发现即使在寒冬，户外也不会感到刺骨的寒冷，空气中仿佛有一层温暖的能量膜，这是“纯净大气法则”衍生出的“温度缓冲”特性，源自神域中“四季恒温带”的环境设定。
地形地貌的重塑则体现了神国法则的“艺术性”。神域中的山川河流并非随机形成，而是遵循着“能量最优流动”的原则，每一座山都能引导气流，每一条河都能滋养最广阔的土地。林奇将这种“地形优化法则”通过世界树的根系注入地脉，引导板块运动的能量，让现实的地形逐渐向神国靠拢。
在亚洲的青藏高原边缘，原本陡峭的悬崖在法则引导下缓缓“软化”，形成坡度适宜的梯田，土壤中自动生成能保持水分的有机质，当地牧民无需改造便可直接耕种；在美洲的科罗拉多大峡谷，谷底的河流开始改变流向，不再切割地表，而是顺着新形成的河道蜿蜒流淌，沿途形成串联的湖泊，成为迁徙鸟类的新栖息地；在澳洲的大自流盆地，地下暗河的走向被重新规划，原本分散的水源汇聚成网状水系，让干旱的盆地出现了成片的绿洲。
参与地形勘测的科学家们发现，重塑后的地形蕴含着精妙的数学规律——山脉的高度与宽度比接近黄金分割，河流的分支角度多为120度（最利于水流扩散的角度），这些规律与林奇心灵神国的地形数据完全吻合。“这不是巧合，是法则的必然。”首席科学家在报告中写道，“现实正在成为神国的镜像，而世界树就是那面精准的镜子。”
昼夜与气候的调节展现了法则渗透的深度。神域中没有极端天气，昼夜交替的时间始终保持在最适合生命活动的12小时周期，气候则根据不同区域的生态需求自动调节。林奇通过世界树顶端的能量穹顶，将“稳定气候法则”投射到地球的大气层，逐步取代原有的气候规则。
在赤道地区，原本的热带雨林气候变得更加温和，雨季的降水量被控制在“不引发洪水”的范围内，旱季则有定时的能量雨补充水分；在极地地区，冰层不再无限制扩张，而是保持在能维持极地生态的稳定范围，夏季的融冰量刚好能为下游提供水源；在中纬度的草原地区，季风的到来变得精准无比，牧民们甚至能根据能量穹顶的光纹变化，提前三个月预测降雨的时间和强度。
这种调节并非压制自然的活力，而是消除其破坏性。当台风在太平洋形成时，能量穹顶会引导其向无人的公海移动，在那里逐渐消散；当龙卷风即将登陆时，地面的生态节点会释放能量，改变气流方向，让其在接触到人类聚落前解体。“稳定不是僵化，是让自然的力量用在正确的地方。”林奇站在能量穹顶的边缘，看着远处被引导至安全区域的风暴，“神域的气候之所以完美，不是因为没有风雨，而是
