域外文明和能量型文明正式加入联盟后，共生议会进行了重大改革，建立了 “三元共治体系”—— 议会由共生型、非共生型、能量型三种文明模式的代表共同组成，共生议长由三种文明模式轮流担任，确保每种文明模式都有平等的话语权。王启作为现任议长，将在任期结束后，把议长之位传给域外文明的代表，实现真正的三元共治。
三元共治体系的建立，标志着联盟的多元共生进入了成熟阶段。议会制定了《三元共生宪章》，明确了三种文明模式的权利和义务，规定所有文明一律平等，无论基因模式如何，都享有平等的发展权、决策权、话语权；同时，宪章还规定了三种文明模式的合作机制，在科研、军事、文化、教育等各个领域，实现深度融合。
在科研领域，联盟成立了 “三元科研联盟”，整合三种文明的技术优势，共同研发应对宇宙基因危机的技术。三元科研联盟的第一个重大项目，是 “混沌基因预警与净化系统”—— 结合联盟的基因网络监测技术、域外的基因稳定技术、能量型的能量感知技术，能提前预警混沌基因的出现，快速部署净化设备，确保联盟的安全。
在军事领域，联盟组建了 “三元联合舰队”，由三种文明模式的战舰组成，统一指挥、协同作战。联合舰队的舰队司令，由三种文明模式的将领轮流担任，确保军事力量的平衡。联合舰队的主要任务，是巡查宇宙基因网络，应对外部威胁，保护联盟的星系和文明。
在文化领域，联盟举办了 “三元文化艺术节”，邀请三种文明模式的生物展示自己的文化特色。联盟的跨文明艺术、域外的岩石雕塑、能量型的流动能量表演，在艺术节上同台绽放，吸引了所有文明的关注。文化的融合，让三种文明模式的生物更加相互理解、相互认同。
在教育领域，跨模式共生学院升级为 “三元共生学院”，扩大了招生规模，增加了三元基因技术、跨模式管理等课程，培养更多具备三元共治能力的人才。学院的教师团队也由三种文明模式的专家组成，确保教育的多元性和公平性。
三元融合的深入，让联盟的新秩序逐渐形成。这种新秩序，不是单一文明模式的主导，而是三种文明模式的平等共治、相互支撑、共同发展。在这种新秩序下，每种文明模式都能发挥自己的优势，弥补自己的不足：联盟的共生技术，为其他两种文明提供能量和基因交流支持；域外的稳定技术，为联盟和能量型文明提供基因安全保障；能量型的传导技术，为所有文明提供充足的能源支持。
新秩序的建立，也让联盟的影响力大幅提升。宇宙中更多的边缘文明、未知文明，纷纷申请加入联盟，联盟的成员国迅速增加到 80 个，覆盖了宇宙的大部分区域。这些新加入的文明，无论基因模式如何，都能在三元共治体系中找到自己的位置，享受平等的权利，获得发展的支持。
“联盟的新秩序，是宇宙基因平衡的最佳体现。” 王承平在三元共治体系成立仪式上说道，“三种文明模式，就像宇宙的三颗恒星，相互照耀、相互支撑，共同照亮了多元共生的道路。”
但新秩序的建立，也面临着一些新的问题。由于成员国数量增多，三种文明模式的发展水平差异较大，部分新加入的边缘文明，技术落后、资源匮乏，难以融入三元融合体系。“我们需要建立‘文明帮扶计划’，让先进文明帮助落后文明，实现共同发展。” 王启提议道。
文明帮扶计划很快启动：联盟的先进成员国，向落后文明提供技术支持和资源援助，帮助他们建立基因适配装置、能量稳定场等基础设施；三元共生学院为落后文明的年轻生物提供免费教育，培养跨模式人才；三元联合舰队为落后文明提供安全保护，抵御外部威胁。
在文明帮扶计划的推动下，落后文明的发展速度大幅提升。其中，一个名为 “土族文明” 的边缘文明，在联盟的帮助下，建立了基因适配装置和能量稳定场，解决了基因不稳定的问题；土族文明的年轻生物在三元共生学院学习后，带回了先进的技术和理念
