混沌基因残留净化后，三元科研联盟将研究重点转向了宇宙的未知领域，启动了 “宇宙基因探索计划”—— 旨在探索宇宙中未被发现的基因类型、文明模式，研究宇宙基因的起源和演化，为联盟的多元共生体系寻找新的发展方向。
探索计划分为三个方向：第一，探索宇宙的 “基因起源区”—— 据古老文明的记载，宇宙中存在一个神秘的区域，是所有基因的起源地，蕴藏着宇宙基因的原始秘密；第二，寻找 “新型基因文明”—— 除了共生型、非共生型、能量型，宇宙中可能存在其他未知的基因模式，探索这些文明，能丰富联盟的多元共生体系；第三，研究 “基因演化规律”—— 通过分析不同文明的基因演化历程，掌握宇宙基因的演化规律，为联盟的基因技术发展提供科学依据。
为了执行探索计划，三元科研联盟组建了三支探索舰队，分别前往三个方向。第一支探索舰队由王启亲自带领，前往基因起源区；第二支舰队由域外文明的科研代表带领，寻找新型基因文明；第三支舰队由能量型文明的流光带领，研究基因演化规律。
王启带领的第一支舰队，朝着宇宙的深处飞去。根据古老文明的记载，基因起源区位于宇宙的中心附近，那里的基因能量浓度极高，是宇宙中最古老的区域。舰队航行途中，遇到了各种极端环境：密集的小行星带、强烈的宇宙风暴、高温的恒星辐射，但在三元联合舰队的协同作战下，都顺利克服。
当舰队抵达基因起源区时，眼前的景象让所有人都感到震撼：基因起源区是一片巨大的 “基因能量云”，由纯粹的原始基因能量构成，颜色呈七彩，不断流动、变化，散发着强大的能量波动。能量云的中心，有一颗微小的 “原始基因晶体”，正是所有基因的起源。
“这颗原始基因晶体，是宇宙中所有基因的‘母亲’，所有文明的基因，都是从这里演化而来的。” 艾拉的深层感知穿透能量云，“我能感知到，原始基因晶体中蕴含着所有基因模式的原始信息，包括共生型、非共生型、能量型，还有很多未知的基因模式。”
舰队的科研人员立刻开始采集原始基因能量样本，进行分析。分析结果显示，原始基因能量具有 “无限演化性”，能根据宇宙环境的变化，演化出不同的基因模式。“这解释了为什么宇宙中会有如此多样的基因文明。” 李明兴奋地说，“原始基因能量就像一块‘基因璞玉’，能根据不同的环境，雕琢出不同的基因模式。”
为了深入研究原始基因晶体，王启带领科研团队，乘坐穿梭舱，靠近能量云的中心。穿梭舱在原始基因能量的保护下，安全抵达中心区域。科研人员用特制的采集器，提取了少量原始基因晶体的样本。“这些样本蕴含着宇宙基因的原始秘密，能帮助我们研发更先进的基因技术。” 王启说道。
第二支探索舰队在域外科研代表的带领下，也有了重大发现。他们在宇宙的边缘区域，发现了一种 “晶体型基因文明”—— 这种文明的生物由巨大的晶体构成，基因模式是 “固态共生型”，既能像共生型文明一样吸收能量网络的能量，又能像非共生型文明一样保持基因的稳定性，是一种介于两者之间的新型基因模式。
晶体型文明的生物性格温和、热爱和平，他们的技术擅长基因固化和能量储存，能将基因能量固化在晶体中，长期储存而不流失。“我们的文明已经在这里生存了百万年，一直过着与世无争的生活。” 晶体型文明的首领说道，“我们愿意加入联盟，与其他文明共同发展。”
晶体型文明的加入，让联盟的多元共生体系更加丰富。三元科研联盟立刻与晶体型文明合作，研发 “基因固化储存技术”—— 结合晶体型文明的基因固化技术和联盟的能量传导技术，能将基因能量长期储存，解决了联盟的能源储存难题。
第三支探索舰队在流光的带领下，通过分析不同文明的基因演化历程，总结出了 “宇宙基因演化三大规律”：第一，基因演化的核心是 “适应环境”，不同的宇宙环境，会演化出不同的
