数月后，志村族地的大火与根部基地的血案在木叶高层掀起轩然大波。猿飞日斩亲自下令调查，但线索寥寥，凶手仿佛凭空消失。暗部翻遍了志村族地的废墟与根部基地的残骸，仅找到被烧焦的忍具和破碎的封印卷轴，毫无指向凶手的证据。猿飞日斩眉头紧锁，最终决定将根部事件列为绝密，对外宣称志村族地火灾为“意外事故”，以免木叶的战力受外界质疑。团藏重伤后销声匿迹，根部势力暂时蛰伏，木叶表面恢复平静，实则暗流汹涌。
几年时间转瞬即逝，忍界局势日益紧张，第三次忍界大战的阴云笼罩五大国。木叶村内，波风水门、漩涡玖辛奈与宇智波天武各自在修行与任务中成长，三人小队因各自的道路不同，鲜少共同行动，但羁绊从未断裂。
水门拜自来也为师，修行途中展现出惊人天赋。早在忍者学校时，天武便教授他螺旋丸的技巧，结合他提前掌握的飞雷神之术，水门在忍界迅速崭露头角。战场上，他以金色闪光的速度横扫敌阵，无论是云隐的雷遁忍者还是岩隐的土遁防线，都无法阻挡他的步伐。忍界开始流传“木叶黄色闪光”的名号，敌村忍者闻之色变，水门的名字成为木叶的象征之一。自来也常笑称：“这小子学得比我快，迟早超了我！”水门却总是谦虚一笑，将功劳归于团队与老师。
玖辛奈跟随纲手学习医疗忍术，同时钻研漩涡一族的封印术。她在医疗队的表现令人瞩目，不仅掌握了高阶医疗忍术，还通过封印术进一步强化对九尾的控制。训练中，她多次进入意识深处，与九尾的意志对抗。九尾的咆哮虽依旧充满恶意，但玖辛奈的意志如磐石般坚定，查克拉锁链越发熟练，每次都能将九尾压制回封印空间。她曾对纲手说：“我要成为像水户婆婆那样的完美人柱力，绝不让九尾再失控！”纲手拍拍她的肩膀，眼中满是欣慰：“你已经很不错了。”
天武则选择了一条更为隐秘的道路。他在猿飞日斩的亲自批准下加入暗部，因在多次高危任务中的卓越表现，被编入特殊任务组，负责情报刺探与敌方核心忍者的暗杀。无论是潜入雾隐村窃取情报，还是夜袭砂隐据点，他都以100%的完成率和零伤亡的记录，震慑了暗部同僚。他的代号“影刃”在暗部内部流传，成员们敬畏他的实力，同时也对其冷峻的行事风格保持距离。猿飞日斩逐渐放下对天武的疑虑，将其视为心腹，多次在火影办公室中感叹：“天武的忠诚与火之意志高度契合，这孩子是木叶的未来。”天武总是低头应是，眼中却闪过一丝不易察觉的冷光。
暗地里，天武利用暗部任务的便利，收集了各忍村的血脉样本。砂隐的磁遁、雾隐的冰遁、云隐的雷遁体质，甚至一些鲜为人知的血继限界，都成为他[血继融合]模组的素材。通过模组的融合功能，他将这些血脉逐步整合，查克拉属性与身体素质显着增强，但对外始终伪装为“写轮眼过度使用”的状态，保持低调。他的写轮眼谎言从未暴露，村内无人知晓其真实实力。
天武与玖辛奈的感情也在这些年悄然升温。共同训练九尾控制时，天武总会在玖辛奈被尾兽意志干扰、情绪烦躁时，带她去木叶后山的樱花林散心。樱花飘落，两人并肩而坐，玖辛奈的红发在风中轻舞，天武会轻声说：“别怕，九尾只是你的力量，我相信你能驾驭它。”玖辛奈则会在天武执行任务归来、故意伪装轻伤时，用医疗忍术为他包扎伤口，嘴里嘀咕：“下次再逞强，我可不帮你了！”两人的关系在木叶高层中半公开，猿飞日斩默认了他们的恋情，认为天武的写轮眼对九尾的震慑有助于村子稳定。
尽管三人各自忙碌，他们仍保持每月月初在一乐拉面馆聚餐的习惯。拉面馆内，热气腾腾的面碗前，三人围坐一桌，分享各自的经历。水门谈起自来也的修行趣事，玖辛奈抱怨纲手的严格训练，天武则轻描淡写地提及暗部任务的“琐碎”。某次聚餐，水门笑着宣布：“我准备回木叶，担任带队上忍了！自来也老师说，我该带几个学生试试了。”玖辛奈瞪大眼睛，调侃：“你？带学生？别把他们吓跑了！”天武则拍拍水门的肩膀，戏谑：“黄色闪光当老师，
