桓冲没有好处，反而会失去声望。桓温考虑到世子桓熙才能不足，就让桓冲统领他的部众。于是桓秘和桓熙的弟弟桓济谋划，要一起去杀掉桓冲。桓冲私下里知道此事，不敢进入府内。不久，桓温去世，桓冲先派力士拘捕了桓熙、桓济，然后才前去丧所哭奠。桓秘于是也被废黜不用，桓熙、桓济都被迁徙到长沙。孝武帝下诏安葬桓温，依据汉代霍光及安平献王（司马孚）的旧例。桓冲称说桓温的遗嘱，以小儿子桓玄为继承人。当时桓玄刚刚五岁，继承南郡公的爵位。
庚戌（二十五日），东晋朝廷加任右将军、荆州刺史桓豁为征西将军，督荆、杨、雍、交、广五州诸军事。任命江州刺史桓冲为中军将军、都督扬、豫、江三州诸军事、扬、豫二州刺史，镇守姑孰；任命竟陵太守桓石秀为宁远将军、江州刺史，镇守寻阳。桓石秀是桓豁的儿子。桓冲既然代替了桓温的职位，就尽忠王室，有人劝桓冲诛杀当时有威望的大臣，独揽大权，桓冲没有听从。当初，桓温镇守姑孰时，对于死罪都是自己决定而不上报朝廷。桓冲认为生杀这样的大事，应当由朝廷核准，凡是死刑都先上报，等待回复，然后执行。
谢安因为天子年幼，又刚刚失去重要的辅政大臣（指桓温），想请崇德太后临朝听政。王彪之说：“前代君主年幼尚在襁褓，母子一体，所以可以临朝；太后也不能决断大事，还需要咨询大臣。如今皇上已经过了十岁，快到加冠完婚的年龄了，反而让堂嫂临朝，显示君主幼弱，这难道是发扬光大圣德的做法吗！诸位如果一定要这样做，我无法阻止，所痛惜的是有失大体。”谢安不想把大权交给桓冲，所以让太后临朝，自己得以独揽朝政，进行决策，于是就没有听从王彪之的话。八月，壬子（疑误），太后再次临朝处理国政。
东晋梁州刺史杨亮派他的儿子杨广袭击仇池，与前秦梁州刺史杨安交战，杨广的军队失败，沮水一带的各戍所全都弃城溃逃。杨亮恐惧，退守磬险。九月，杨安进军攻打汉川。
丙申（十二日），东晋任命王彪之为尚书令，谢安为仆射，兼管吏部，共同执掌朝政。谢安常常感叹说：“朝廷大事，众人不能决断的，去咨询王公（王彪之），无不马上决断。”
任命吴国内史刁彝为徐、兖二州刺史，镇守广陵。
冬季，前秦王苻坚派益州刺史王统、秘书监朱肜率领二万士卒从汉川出发，前禁将军毛当、鹰扬将军徐成率领三万士卒从剑门出发，入侵东晋的梁、益二州；梁州刺史杨亮率领一万多巴獠人抵抗，在青谷交战。杨亮的军队失败，逃奔固守西城。朱肜于是攻下汉中。徐成攻打剑门，攻克了它。杨安进军攻打梓潼，梓潼太守周飏固守涪城，派步、骑兵数千人护送母亲、妻子从汉水去江陵，朱肜半路拦截并俘获了他们，周飏于是就向杨安投降。十一月，杨安攻克了梓潼。荆州刺史桓豁派江夏相竺瑶救援梁、益二州；竺瑶听说广汉太守赵长战死，就带兵撤退了。益州刺史周仲孙在绵竹抵御朱肜，听说毛当将要抵达成都，便率领骑兵五千逃奔到南中地区。前秦于是就攻取了梁、益二州，邛、莋、夜郎等地都归附了前秦。前秦王苻坚任命杨安为益州牧，镇守成都；毛当为梁州刺史，镇守汉中；姚苌为宁州刺史，屯驻垫江；王统为南秦州刺史，镇守仇池。
前秦王苻坚想任命周飏为尚书郎。周飏说：“我蒙受晋朝厚恩，只是因为老母亲被俘，才失节于此，母子得以保全，是秦国的恩惠。即使给我公侯的高贵地位，我也不认为是荣耀，何况是郎官呢！”于是就不就任。每次见到苻坚，有时就伸开腿坐着，喊他为“氐贼”。曾经在正月初一的朝会上，仪仗侍卫很盛，苻坚问他：“晋朝正月初一的朝会，与我这里相比怎么样？”周飏捋起袖子厉声说道：“犬羊相聚，怎么敢比拟天朝！”前秦人因为周飏不恭顺，多次请求杀了他，苻坚却对待他更加优厚。
东晋周仲孙因失守边境罪被免官。桓冲任命冠军将军毛虎生为益州刺史，兼建平太守，任命毛虎生的儿子毛球为梓潼太守。毛虎生与毛球讨伐前秦，已经到达巴西，因为粮食缺乏，退屯巴东。
