，俘虏、斩杀的叛军数以万计。孙恩于是从浃口远逃入海。
十二月辛亥日，北魏君主拓跋珪派常山王拓跋遵、定陵公和跋率领五万部众，在高平袭击没弈干。
乙卯日，北魏虎威将军宿沓干讨伐后燕，进攻令支；乙丑日，后燕中领军宇文拔率军救援。壬午日，宿沓干攻克令支，派兵驻守。
吕超攻打姜纪，没能攻克，转而攻打焦朗。焦朗派弟弟的儿子焦嵩去河西王秃发利鹿孤那里做人质，请求救援。利鹿孤派车骑将军秃发傉檀率军赶去，等傉檀抵达时，吕超已经撤退，焦朗却关闭城门抗拒傉檀。秃发傉檀发怒，准备攻城，镇北将军秃发俱延劝谏说：“安于故土不愿迁移，是人之常情。焦朗困守孤城，没有粮食，今年不投降，明年也会自行归服，何必牺牲大量士兵来攻打他！如果不能取胜，他一定会去投靠别的国家，放弃本州百姓来帮助邻国敌人，不是妙计；不如用好话劝谕他。” 秃发傉檀于是和焦朗结盟，随后在姑臧炫耀兵力，在胡坑扎营。
秃发傉檀知道吕超一定会来劫营，就准备好火种等待。吕超夜里派中垒将军王集率领两千精锐士兵偷袭秃发傉檀的营寨，秃发傉檀却从容整顿军队，不慌乱。王集进入营垒后，营寨内外突然燃起大火，光照得像白天一样；秃发傉檀出兵反击，斩杀王集以及三百多名披甲士兵。吕隆害怕，假装和秃发傉檀讲和，请求在花园里结盟。秃发傉檀派秃发俱延去结盟，俱延怀疑有埋伏，拆毁花园墙壁才进去。吕超的伏兵突然出击，俱延失去战马，步行逃跑，淩江将军郭祖奋力抵抗，俱延才得以幸免。秃发傉檀发怒，在显美攻打后凉昌松太守孟祎。吕隆派广武将军荀安国、宁远将军石可率领五百骑兵救援，荀安国等人害怕秃发傉檀的强大，中途逃了回去。
桓玄上奏朝廷，任命哥哥桓伟为江州刺史，镇守夏口；任命司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇守襄阳；又派部将皇甫敷、冯该驻守湓口。他把沮水、漳水流域的两千户蛮族迁到长江以南，设立武宁郡；又招集流民，设立绥安郡。朝廷下诏征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都留住他们，不派遣进京。
桓玄自认为占据了晋国三分之二的领土，多次派人献上自己的 “祥瑞征兆”，想以此迷惑众人；又写信给会稽王司马道子说：“孙恩这叛贼逼近京城近郊，不过是因为刮风不能前进、下雨无法放火，粮草耗尽才退走，并非被武力打败。过去王国宝死后，王恭不趁势进京执掌朝政，足以看出他并非要欺侮明公您，却被说成‘不忠’。如今的权贵亲信中，难道没有当时有声望的人吗？怎能说没有优秀人才！只是您不能信任他们罢了！近来时间不长，就酿成今天的祸患。朝中君子都怕惹祸不敢说话，我桓玄愧居远方任职，所以才披露事实。” 司马元显看到信后，非常害怕。
张法顺对司马元显说：“桓玄凭借家世资历，一向有豪迈气概，吞并殷仲堪、杨佺期后，独占荆楚地区，殿下您能控制的只有三吴之地罢了。孙恩作乱后，东部地区一片狼藉，公家和私人都贫困枯竭，桓玄一定会趁这机会放纵奸恶，我私下为此担忧。” 司马元显问：“该怎么办？” 张法顺说：“桓玄刚得到荆州，人心还没归附，正忙着安抚百姓，没空闲谋划其他事。如果趁这时候派刘牢之做前锋，殿下您率领大军跟进，一定能攻克桓玄。” 司马元显认为这话有理。恰逢武昌太守庾楷因为桓玄和朝廷结怨，担心桓玄败亡后灾祸牵连自己，秘密派人主动结交司马元显，说：“桓玄大失人心，部众不愿为他效力，如果朝廷派军队讨伐，我愿意做内应。” 司马元显非常高兴，派张法顺到京口，和刘牢之商议；刘牢之却认为这事很难成功。张法顺回来后，对司马元显说：“看刘牢之的言语神色，一定对我们有二心，不如召他进京杀掉；不然，一定会败坏大事。” 司马元显不听，随后大力整治水军，征调士兵、装备战船，谋划讨伐桓玄。
晋安帝司马德宗元兴元年（壬寅，公元 402 年）
春季正月，庚午朔日（初一）
朝廷下诏列举桓玄的罪状，任
