命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加授黄钺（象征专杀之权）；又任命镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王司马尚之为后续部队；同时宣布大赦，改年号为元兴，朝廷内外实行戒严；加授会稽王司马道子为太傅。
司马元显想杀光桓氏族人。中护军桓修，是骠骑长史王诞的外甥，王诞受司马元显宠爱，于是向元显陈说桓修等人和桓玄志趣不同，元显才停止杀戮。王诞，是王导的曾孙。
张法顺又对司马元显说：“桓谦兄弟常常是桓玄的‘耳目’，应该杀掉他们来杜绝奸谋。而且事情成功与否，关键在前锋部队，可刘牢之反复无常，万一有变故，灾祸会立刻到来。可以让刘牢之杀掉桓谦兄弟，来表明他没有二心；如果他不接受命令，就先对付他。” 司马元显说：“如今没有刘牢之，无法对付桓玄；而且刚开始行动就杀大将，会让人心不安。” 多次拒绝这建议。又因为桓氏世代被荆州人归附，桓冲尤其留下恩惠，而桓谦是桓冲的儿子，元显就把桓谦从骠骑司马提拔为都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，想以此笼络西部人心。
丁丑日，后燕慕容拔攻打北魏在令支的守军，攻克城池，宿沓干逃跑，慕容拔抓获北魏辽西太守那颉。后燕任命慕容拔为幽州刺史，镇守令支；任命中坚将军辽西人阳豪为本郡太守。丁亥日，后燕任命章武公慕容渊为尚书令，博陵公慕容虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
戊子日，北魏材官将军和突攻打黜弗、素古延等部落，大败他们。当初，北魏君主拓跋珪派北部大人贺狄干献上一千匹马，向后秦求亲。后秦王姚兴听说拓跋珪已经立慕容氏为皇后，就留住贺狄干，断绝了和亲。没弈干、黜弗、素古延都是后秦的属国，北魏却攻打他们，因此后秦和北魏产生隔阂。庚寅日，拓跋珪大规模检阅士兵战马，命令并州各郡在平阳的乾壁囤积粮食，防备后秦。
柔然首领社仑当时和后秦和睦，派将领救援黜弗、素古延。辛卯日，和突迎击柔然军队，大败他们。社仑率领部落远逃漠北，夺取高车的地盘定居。斛律部落首领倍侯利攻打社仑，被打得大败，倍侯利投奔北魏。社仑于是向西北攻打匈奴残余部落 “日拔也鸡”，大败对方，随后吞并周边各部落，士兵战马数量大增，在北方称雄。他的领土西到焉耆，东接朝鲜，南邻大漠，周围小国都被他控制依附。社仑自称 “豆代可汗”，开始制定规章制度：一千人编为一军，每军设将领；一百人编为一幢，每幢设主帅。作战时，先冲锋登阵的人赏赐战利品，胆小懦弱的人用石头砸头处死。
秃发傉檀攻克显美，抓获孟祎后责备他，怪他不早点投降。孟祎说：“我受吕氏厚恩，持符节镇守一方；如果明公大军刚到，我就望旗归附，恐怕会被您治罪啊。” 秃发傉檀释放并礼遇他，迁徙两千多户百姓后返回，任命孟祎为左司马。孟祎推辞说：“吕氏将要灭亡，圣朝（指秃发氏）一定会夺取河右，无论聪明还是愚笨的人都知道这一点。但我为别人守城却没能保全城池，如今又愧居显要职位，内心实在不安。如果蒙明公恩惠，让我到姑臧接受处死，就算死也不朽。” 秃发傉檀认为他有义气，就放他回去。
东部地区遭受孙恩之乱后，接着发生饥荒，漕运无法接济粮草。桓玄阻断长江水路，商旅完全断绝，公家和私人都缺乏物资，只能用粟米、橡树果实供给士兵。桓玄认为朝廷正多忧患，一定没空闲讨伐自己，就想积蓄力量等待时机。等到朝廷大军将要出发，堂兄太傅长史桓石生秘密写信告诉桓玄，桓玄非常吃惊，想集结兵力防守江陵。长史卞范之说：“明公的威望震动远近，司马元显还是个乳臭未干的小子，刘牢之早已大失人心。如果大军逼近京城近郊，向他们指明祸福，朝廷土崩瓦解的局势很快就会到来，哪有把敌人引进境内、自取困窘的道理！” 桓玄听从他的建议，留下桓伟防守江陵，上奏表并传递檄文，列举司马元显的罪状，出兵东下。檄文传到京城，司马元显非常害怕。二月丙午日，安帝在西池为司马元显饯行，元显登上战船，却迟迟不出发
