率军攻打湘中（今湖南中部）各郡。荆州刺史刘道规派军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵（今湖南岳阳），准备进攻江陵。徐道覆听说刘毅即将到来，派人快马告诉卢循说：“刘毅的军队很强大，成败关键就在这一战，应当合力击败他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。” 卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月，戊午日（初七），刘毅与卢循在桑落洲（今江西九江东北长江中）交战，刘毅的军队大败，他弃船上岸，率领几百人步行逃跑，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的军用物资堆积如山。
起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进攻建康，坚持争辩。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。
己未日（初八），朝廷宣布大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当初京口起兵时相同。征发百姓修筑石头城（今江苏南京城西）。有人建议分兵防守各渡口要地，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。如今把军队聚集在石头城，根据情况随时应对，既让敌人无法判断我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续军队逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”
朝廷听说刘毅战败，人心惶惶。当时北伐的军队刚返回，将士大多受伤生病，建康的士兵不足几千人。卢循攻克江州、豫州（刘毅驻守的地区）后，拥有十多万士兵，战船车马绵延百里，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说贼军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送安帝渡过长江，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南征时，孟昶预料他们一定会战败，后来果然如此。到这时，孟昶又认为刘裕一定无法抵抗卢循，众人大多相信他的话。只有龙骧将军东海人虞丘进在朝廷上反驳孟昶等人，认为不会这样。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是顺应天命的辅臣，刚建立大功，威震天下，妖贼乘虚入侵，如今听说您凯旋归来，一定会溃散。如果您先逃跑，就会和普通人一样，普通人发号施令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。” 刘裕非常高兴。孟昶坚持请求不已，刘裕说：“如今重要的藩镇沦陷，强大的贼军逼近，人心恐惧，没有坚定的意志；如果一旦迁都，就会土崩瓦解，江北又怎么能到达呢！即使能到达，也不过是延长几天寿命罢了。如今士兵虽然少，但足够一战。如果能取胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定到来，我会战死在宗庙门前，实现我历来以身报国的志向，不能躲藏在民间苟且求生。我的计划已经决定了，你不要再多说！” 孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为一定会战败，于是请求自杀。刘裕发怒说：“你姑且再打一仗，死又何必着急！” 孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自责说：“刘裕北伐时，众人都不同意，只有我赞同他的计划，导致强贼乘虚而入，国家危急，这是我的罪过。谨以此表向天下人谢罪！” 封好奏表后，孟昶服毒自杀。
乙丑日（五月十四日），卢循率军抵达淮口（今江苏南京西北，秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇（皇宫中的殿堂）；刘裕驻守石头城（今江苏南京城西），其他将领也各自有驻守的地方。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口（今江苏镇江丹徒）。刘粹，是刘毅的同族弟弟。
刘裕看到百姓靠近水边观望贼军，对此感到奇怪，就问参军张劭原因。张劭说：“如果您（持节钺，代指刘裕）还没回来，百姓连逃跑都来不及，哪有心思观望？现在他们是不再害怕了啊。贼军如果从新亭（今江苏南京江宁南）直接进军，其锋芒锐不可当，我们应当暂时回避，胜负还难以预料；如果他们回船停泊在西岸，就一定会被我们擒获。”
徐道覆请求从新亭到白石（今江苏南京江宁西北）一带烧掉船只上岸，分几路进攻刘裕。
