稽太守孔灵符，在所任职的地方都有政绩；因得罪了废帝身边的亲信，亲信诬陷他，废帝派使者用鞭子将他打死，还诛杀他的两个儿子。
宁朔将军何迈，是何瑀的儿子，娶了废帝的姑姑新蔡长公主。废帝把新蔡长公主纳入后宫，称她为谢贵嫔；又谎称公主去世，杀死一名宫女，把尸体送给何迈等人安葬，还举行了丧礼。十月庚辰日，废帝册封谢贵嫔为夫人，给她配备鸾车、龙旗，出入时实行清道警戒（按皇后礼仪）。何迈一向豪爽侠义，收养了很多敢死之士。他谋划趁废帝出游时，废黜废帝，拥立晋安王刘子勋。事情泄露，十一月壬辰日，废帝亲自领兵诛杀何迈。
起初，沈庆之揭发颜师伯、柳元景的密谋后，就主动亲近废帝，多次直言劝谏，废帝逐渐感到不满。沈庆之担心灾祸降临，闭门不出，不接待宾客。他曾派侍从范羡到吏部尚书蔡兴宗那里，蔡兴宗让范羡对沈庆之说：“您闭门拒绝宾客，是为了躲避那些请托办事的人罢了。像我这样，又没有求您办事，为什么要拒绝我呢！” 沈庆之让范羡邀请蔡兴宗来见。
蔡兴宗前往拜见沈庆之，趁机劝他说：“陛下近来的所作所为，已经违背了人伦道义的根本；指望他改变德行、改正错误，已经没有希望了。现在陛下唯一忌惮的，只有您；百姓殷切期盼的，也只有您一个人而已。您威名素来显着，天下人都信服您。现在满朝大臣惶恐不安，人人心怀恐惧。只要您下令起兵，谁会不响应！如果您犹豫不决，想坐观成败，恐怕不仅很快会灾祸临头，天下人也会把责任归咎到您身上！我蒙受您的特殊关照，所以敢直言相劝，希望您仔细考虑这个计划。” 沈庆之说：“我确实知道现在处境危险，自身都难保，但我只能尽忠报国，始终坚守臣节，听天由命罢了。加上我年老退休在家，兵力薄弱，即使想行动，也办不成。” 蔡兴宗说：“现在心怀谋略、想奋起反抗的人，不是为了追求功名利禄，只是想摆脱随时可能被杀的命运罢了！宫廷中的将帅，只等待外面的消息，只要有一个人带头，局势立刻就能平定。况且您多年统领军队，过去的部下，遍布宫廷和尚书省，受过您恩惠的人很多，沈修之这类人都是您的同乡子弟，还担心他们不服从吗！而且您的门徒、亲信，都是三吴地区的勇士。殿中将军陆攸之，是您的同乡，现在正领兵向东讨伐叛贼，有大量铠甲兵器，驻扎在青溪还没出发。您可以取来他的兵器装备给部下，让陆攸之率领他们作为前锋，我在尚书省，自然会率领百官按照前代旧例，另选贤明君主来供奉社稷，天下大事就能平定了。另外，朝廷的各种所作所为，民间都传言您都参与了。您现在不做决断，一定会有比您先行动的人，到时候您也难免会被牵连进反叛的灾祸中。听说陛下多次亲临您的府第，醉酒停留；又听说陛下屏退左右，单独进入您的内室；这是万世难逢的机会，不能错过啊！” 沈庆之说：“感谢您的肺腑之言。但这是大事，不是我能做到的；如果灾祸降临，我只能以死尽忠罢了。”
青州刺史沈文秀，是沈庆之的侄子，即将前往青州赴任，率领部下驻扎在白下，也劝沈庆之说：“陛下如此残暴，祸乱不久就会发生，而我们一家受到他的宠信，天下人都认为我们和他同心。况且这个人喜怒无常，猜忌残忍至极，难以预测的灾祸，无论进退都难免。现在凭借这些兵力，图谋废黜他易如反掌。机会难得，不能错过啊。” 沈文秀反复劝说，甚至流下眼泪，沈庆之始终不听。沈文秀于是动身赴任。
等到废帝诛杀何迈后，预料沈庆之一定会入宫劝谏，就先关闭了青溪的各座桥梁，阻断他的去路。沈庆之听说后，果然前往皇宫，因无法过河而返回。废帝于是派沈庆之的堂侄、直阁将军沈攸之去赐沈庆之毒药。沈庆之不肯喝，沈攸之用被子将他闷死，当时沈庆之八十岁。沈庆之的儿子、侍中沈文叔想逃走，又担心像太宰刘义恭那样被肢解，就对弟弟中书郎沈文季说：“我能去死，你能为父亲报仇。” 于是喝下废帝赐给沈庆之的毒药而死。弟弟秘书郎沈昭明也上吊自杀。沈文季挥刀骑马逃走，追赶的人不敢逼近，他最终得以逃脱。
