宣大的新政如同春雨滋润着干涸的土地，格物院的灯火彻夜不熄，一切都向着最好的方向发展。然而，皇太极那来自阴暗角落的毒计，却比任何人预想的都要来得快、来得猛。
灾难，首先从长城外最大的贸易枢纽——龙城互市爆发。
初时，只是几个来自喀尔喀部的蒙古商人出现高热、呕吐的症状，被当作寻常风寒。互市内的医馆人满为患，并未引起足够警惕。但很快，症状开始变得恐怖——红色的疹点迅速遍布全身，继而转为脓疱，破裂、溃烂，伴随着难以忍受的剧痛和持续的高烧。患者多在数日之内便迅速衰竭死亡，死状凄惨。
天花！（痘疫）
这个如同梦魇般的名字，瞬间击溃了龙城的繁华与秩序。恐慌如同瘟疫本身，以更快的速度蔓延开来。
“是瘟疫！痘疫来了！”
“快跑啊！染上就死定了！”
“是那些蒙古人带来的！关闭互市！把他们赶出去！”
骚乱瞬间爆发。人们惊恐地逃离龙城，互相推搡践踏。原本熙熙攘攘的市场瞬间变得一片狼藉，货物被抛弃，帐篷被推倒。试图维持秩序的士兵也面露惧色，面对这种无形的死神，勇气显得如此苍白。
消息像插了翅膀一样飞向大同。
“督师！紧急军情！龙城爆发痘疫，情况失控，已有多人死亡，恐慌蔓延，互市已陷入瘫痪！”徐锐几乎是冲进了王小伟的书房，脸色前所未有的凝重。
周遇吉紧随其后，声音沉重：“督师，痘疫凶猛，历来无药可医，十不存一！一旦扩散，不仅龙城不保，恐将蔓延至宣大各府县，乃至军中！后果不堪设想！”
王小伟“豁”地站起身，脸色瞬间变得铁青。他来自现代，太清楚在天花病毒面前，这个时代的医疗水平是多么无力！这绝不是自然发生的疫情！
“是皇太极！”王小伟几乎是从牙缝里挤出这个名字，“好毒辣的计策！他想不费一兵一卒，就毁了我宣大根基！”
他强迫自己冷静下来，大脑以前所未有的速度运转。恐慌解决不了问题，必须立刻行动！
“传我命令！”王小伟的声音带着不容置疑的决断，一道道指令如同流水般下达：
“第一，紧急状态令！宣大全境，即刻起进入防疫紧急状态！成立以我为首的防疫总指挥部，周遇吉负责军管与秩序，徐锐负责情报与内部肃查，格物院医学科、农学科所有相关人员，全部归指挥部调遣！”
“第二，严格隔离！立刻封锁龙城！许进不许出！城内划分隔离区，所有患者、疑似患者及其密切接触者，严格分区隔离！尸体一律深埋或火化（此令引起了一些争议，但王小伟力排众议）！抽调敢于赴死的士兵和招募志愿者，组成防疫队，佩戴……佩戴多层棉布口罩（王小伟口述制作方法），用沸水反复清洗双手，负责隔离区管理和尸体处理！”
“第三，全境管控！关闭宣大境内所有集市、戏院等人员密集场所。各府县村镇，实行里甲保甲连坐，严查外来人员，尤其是近期从龙城方向来的！设立路卡，严格盘查。发布安民告示，明确瘟疫症状和防范要点，要求百姓一旦发现，立即上报并自我隔离！严厉打击造谣传谣、囤积居奇！”
“第四，医疗研究！格物院医学科，集中所有力量，研究痘疫！我给你们方向：人痘接种法！立刻寻找症状轻微的天花患者，取其痘痂研磨……（王小伟凭借模糊的历史知识，简述人痘接种的原理和风险）这是险招，但或是唯一生机！同时，研究一切可能缓解症状、降低死亡率的方剂！”
“第五，内部肃清！军情司全力出动，给我查！疫情的源头是哪里？是哪支商队？背后有没有人为痕迹？皇太极的钉子，必须给我挖出来！”
王小伟的反应快如闪电，措施果决甚至有些超前（如火化、口罩）。整个宣大集团如同精密的机器，在最初的恐慌后，迅速被调动起来。军队开赴龙城和各要道，执行冷酷的封锁令
