修水利，并引入科举的简化版本，选拔当地人才进入基层管理机构。“土流并置”的政策下，合作的土司权力被逐步稀释，抵抗者的势力则被连根拔起。
然而，中南半岛的彻底平定并非毫无波澜。在暹罗（阿瑜陀耶王朝）以西的山区和丛林深处，一些不愿臣服的地方势力以及溃散的安南残军，依托复杂地形，进行着零星的游击骚扰。虽然无法撼动明军的大局，却也让各地的屯垦点和巡逻队不胜其烦。
柳文耀（岳飞武魂）对此采取了“堡寨推进，清剿抚慰相结合”的策略。他下令在交通要道和叛乱频发区域，增建小型军事堡寨，驻守少量兵力，保护移民和商路。同时派出小股精锐部队，在当地归顺力量的引导下，深入山林进行清剿，并对主动出降者给予宽大处理。他强调：“平定南疆，非仅恃武力，更需收民心。严惩首恶，胁从不同，方可长治久安。”
与此同时，王承恩（郑和武魂）的庞大舰队并未停歇。在完全掌控了中南半岛东海岸后，他的目光投向了更遥远的西洋（印度洋）。舰队以“镇南港”为基地，不断派出分舰队向西探索，抵达了孟加拉湾沿岸，与当地的古里（卡利卡特）、柯枝等国建立了初步接触。来自大明的瓷器、丝绸、茶叶，换回了珍珠、宝石、香料以及关于更西方世界的情报。王承恩站在旗舰的甲板上，望着无垠的西方海面，心中酝酿着下一步的计划：打通前往天方（阿拉伯）甚至更远国度的航路，让大明的龙旗飘扬在真正的西洋之上。南境的扩张，正从路上彻底转向海陆并举，目标直指广阔的海洋贸易圈。
九州与本州西部的“清理”与殖民仍在高强度进行。张献忠（白起武魂）的酷烈手段确实在短期内摧毁了日本列岛有组织的抵抗能力，史可法（贾诩武魂）的权谋分化也使得日本社会难以形成统一的反抗力量。大片土地被“拓殖团”占据，汉式村庄如雨后春笋般出现，日语被禁止，神社被毁，文化替代进行得冷酷而彻底。
然而，绝对的压迫之下，暗流仍在涌动。在四国岛的山丘和本州岛中部连绵的群山之中，一些失去家园、心怀刻骨仇恨的日本武士和农民转入了地下，形成了被称为“一揆”的抵抗组织。他们熟悉地形，行动诡秘，采用暗杀落单的明军士兵或移民、破坏道路、焚烧粮仓等方式进行报复。虽然规模不大，但其造成的恐慌和持续不断的损耗，开始让负责后方治安的明军军官感到头痛。
史可法敏锐地意识到了这个问题。他向张献忠进言：“大将军，酷烈之法可摧其形，难灭其心。此等蟊贼，虽不足虑，然如野草，烧之不尽。需辅以怀柔，断其根源。”他建议，在继续高压清剿的同时，可以对一些表现“恭顺”的区域适当放宽政策，允许底层百姓在严格监管下保留部分原有生活习惯，并选拔极少数的“日裔良民”进入基层管理，以分化抵抗势力的人心基础。张献忠虽不以为然，但出于对史可法谋略的信任，还是部分采纳了他的建议。东瀛的局势，从明面上的大规模征服，转入了更为复杂和漫长的治安强化与文化融合的深水区。
紫禁城，乾清宫内。
巨大的寰宇全舆图上，北至贝加尔湖，西至葱岭，南至暹罗湾，东至日本本州中部的广袤区域，已被清晰地染上了代表大明的赤色。朱常洛每日审阅着来自四方的前线奏报，对各地的进展与困难了然于胸。
他看到了北疆罗刹的骚扰，西线波斯的潜在威胁，南境丛林的零星反抗，以及东瀛地下滋生的仇恨。他明白，征服易，治理难；破军易，收心难。帝国的扩张已然进入了一个新的阶段，从疾风暴雨式的军事打击，转变为需要更多耐心、智慧和资源的长期经营与消化。
“传旨，”朱常洛对枢密院与内阁下达了新的指示，“北疆，准定王所奏，筹建‘定北城’，所需钱粮工匠，由工部、户部协同拨付。西线，着卢象升全权负责与波斯及中亚诸邦交涉，以商贸、羁縻为主，非奉旨不得轻启战端。南境，柳文耀、王承恩所部，重心转向巩固既有疆土，清剿残敌，发展海贸。东瀛，张献忠、史可法需加快殖
